Οι τρεις πιο συνηθισμένοι τύποι μεμβρανών μεταφοράς που χρησιμοποιούνται για την ανίχνευση μεταφοράς πρωτεϊνών και νουκλεϊκών οξέων είναι οι μεμβράνες νιτροκυτταρίνης, οι μεμβράνες φθοριούχου πολυβινυλιδενίου (PVDF) και οι μεμβράνες από νάιλον. Οι μεμβράνες νιτροκυτταρίνης είναι μια ευρέως χρησιμοποιούμενη μήτρα στην κηλίδωση πρωτεϊνών λόγω της υψηλής συγγένειας δέσμευσης πρωτεΐνης και της συμβατότητάς τους με διάφορες μεθόδους ανίχνευσης. Η ικανότητα δέσμευσης πρωτεϊνών των μεμβρανών νιτροκυτταρίνης είναι 80-100 μg/cm² και η ακινητοποίηση πρωτεΐνης λαμβάνει χώρα κυρίως μέσω υδρόφοβων αλληλεπιδράσεων. Οι μεμβράνες νιτροκυτταρίνης είναι εύθραυστες και εύθραυστες, περιορίζοντας τη χρήση τους για αποσήμανση και επανασήμανση.
Οι μεμβράνες φθοριούχου πολυβινυλιδενίου (PVDF) έχουν υψηλή συγγένεια δέσμευσης τόσο για πρωτεΐνες όσο και για νουκλεϊκά οξέα. Οι μεμβράνες PVDF είναι εξαιρετικά υδρόφοβες και πρέπει να διαβρέχονται εκ των προτέρων με μεθανόλη ή αιθανόλη πριν από τη βύθιση σε ρυθμιστικό διάλυμα μεταφοράς. Η ικανότητα δέσμευσης πρωτεΐνης των μεμβρανών PVDF είναι 170-200 μg/cm². Σε σύγκριση με τη νιτροκυτταρίνη, οι μεμβράνες PVDF είναι λιγότερο εύθραυστες και εύθραυστες, έχουν καλύτερη μηχανική αντοχή και χημική σταθερότητα και είναι κατάλληλες για πειράματα Western blotting που απαιτούν βήματα αποσήμανσης και επανασήμανσης. Λόγω της υδροφοβικότητάς τους, οι μεμβράνες PVDF είναι μια προτιμώμενη επιλογή για υδρόφοβες πρωτεΐνες.
Οι μεμβράνες από νάιλον δεσμεύουν πρωτεΐνες και νουκλεϊκά οξέα μέσω ιοντικών, ηλεκτροστατικών και υδρόφοβων αλληλεπιδράσεων. Η ικανότητα δέσμευσης πρωτεΐνης των μεμβρανών νάιλον μπορεί να φτάσει τα 480 μg/cm². Οι μεμβράνες από νάιλον παρουσιάζουν υψηλή αντοχή, προσφέροντας πλεονεκτήματα στα πειράματα Western blotting που απαιτούν διαδικασίες αποσήμανσης και επανασήμανσης. Ένα σημαντικό μειονέκτημα της χρήσης μεμβρανών νάιλον για εφαρμογές στυπώματος είναι η πιθανότητα μη-μη ειδικής δέσμευσης με ανιόντα.